確實魚種數甚難決定，其困難包括：
一、    新紀錄魚種增加快速
二、    同種異名變動頻仍-多半名字更改，種數不變
三、    種之界定仍有爭議
四、    外來種的問題– 已在野外自然繁殖成功者？ 或需普遍存活在天然水域者

臺灣魚類資料庫魚種採認準則：
一、    具有採集自臺灣野外水域的標本可供考證、或是發表在同儕審查研究論文之原生魚種
二、    已在臺灣野外水域自然繁殖、形成穩定族群且具有標本可供考證之外來魚種
三、    若遇有同種異名或是魚種分類觀點不同的問題，則魚種有效性的最終認定以最近期發表的同儕審查研究論文為最終依據。

因此以下情況一律不列入台灣魚種：
一、    缺乏標本及考證之魚種
二、    縱使有標本，但可能並非採自「臺灣海域」之魚種
三、    尚未鑑定完成及正式發表之魚種 – 只列入已確定為新種待發表之魚種
四、    只有潛水觀察及攝影紀錄，但卻尚未採到標本之魚種